Uma análise aprofundada da sequencia de genoma do coronavírus que circula em Norfilk, no Reino Unido, feita por investigadores do Instituto Quadram e pela Universidade de East Anglia foi capaz de mapear o alastramento do vírus, identificar surtos escondidos e fornecer dados quanto à eficácia de intervenções para travar o alastramento.

Os casos positivos de coronavírus vieram de hospitais na região, organizações de prestação de cuidados e de instalações de teste à Covi-19 drive through, e foram identificados através de testes realizados pelo Serviço Nacional de Saúde inglês e pelo laboratório de microbiologia do Hospital Universitário de Norfolk e Norwich (NNUH). As amostras foram sequenciadas e examinadas para pequenas alterações que indiquem diferentes tipos ou linhagens do vírus SARS-CoV-2.

A equipa identificou 100 linhagens diferentes em Norfolk entre março e agosto. Existiram várias vias de introdução do vírus na região, sobretudo provenientes do Reino Unido ou de outros países da União Europeia. O número de linhagens teve o seu pico cerca de 5 semanas depois do começo do confinamento nacional, com várias a desaparecer rapidamente, o que demonstra a eficácia das medidas de prevenção.

Várias outras conclusões foram retiradas após uma análise mais a fundo:

A análise de amostras de um surto dentro que ocorreu numa instalação de processamento de alimentos concluiu uma forte ligação entre as mesmas, indicando que o vírus se estava a espalhar entre os trabalhadores da fábrica. A identificação da linhagem do surto tornou possível mapear o alastramento do vírus dentro da comunidade e melhorar os esforços de contacto e localização dos infetados. Isto ajuda a identificar vias de contaminação ocultas.

Uma outra linhagem que parece estar associada apenas com um grupo de lares, mas que não se encontra na comunidade mais alargada, foi identificado e está atualmente sob investigação.

Uma coleção de casos associados a um hospital continha várias linhagens, o que indica que estas infeções originaram fora, e não dentro, do hospital.

O número de infeções começou a aumentar de novo, o que mostra o valor da vigilância com base no genoma ao nível local e em apoio às medidas de controlo nacional.

A equipa de investigação de Norwich é liderada pelo Dr. Justin O’Grady e pelo Dr. Andrew Page, e é um de 19 parceiros no COVID-19 Genomics UK Consortium, montado em março para monitorizar o alastramento do vírus pelo país.

Os dados estão a ser partilhados com as agências de saúde do Reino Unido, bem como com académicos internacionais como parte do esforço global para compreender e controlar o Covid-19.

A Dra. Louise Smith, Diretora de Saúde Pública na cidade de Norfolk diz que “é bastante entusiasmante que possamos utilizar tecnologia de ponta, tal como epidemiologia genómica, para nos ajudar a gerir surtos no terreno em tempo real. É imensuravelmente valioso ter a possibilidade de identificar se um surto se deve a uma nova introdução do vírus ou se está ligada a casos locais, e ser possível monitorizar a progressão dos surtos na comunidade. Aprecio e valorizo bastante esta colaboração”.

Acreditamos que isto dá a Norfolk uma das taxas de cobertura per capita de sequenciamento de genoma no mundo”, diz Justn O’Grady do Instituto Quadram e da Universidade de East Anglia. “O sequenciamento de genoma viral oferece uma resolução muito maior do que os métodos epidemiológicos tradicionais, permitindo-nos distinguir entre diferentes clusters. Esta informação é vital, especialmente quando nos dirigimos para um pico de infeções derivadas da segunda vaga”.

“Temos colocado em pratica uma pipeline rápida para o sequenciamento do SARS-CoV-2, com feedback semanal para a gestão do esforço nacional contra a pandemia, enquanto ajudamos também as análises locais sobre os surtos”, disse o Dr. Andrew Page do Instituto Quadram. “Estes marcos alcançados só foram possíveis através de esforços colaborativos entre cientistas, clínicos, gestores de informação e epidemiologistas”, acrescenta.

“A iniciativa COG-UK, para o sequenciamento do genoma do SARS-CoV-2, fornece melhorias no funcionamento dos hospitais ao ajudar os esforços de IPC e ao clarificar os eventos de transmissão dentro dos hospitais, bem como a redução da transmissão do vírus dos hospitais para a comunidade”, disse o Dr. Samir Dervisevic, virologista consultor na NNUH.

“Para além disto, os investigadores do Instituto Quadram a trabalhar em parceria com os virologistas e equipa de Controlo de Prevenção Infeciosa do Hospital Universitário de Norfolk e Norwich estão prestes a começar um estudo de sequenciamento adjuvante que vai permitir a rápida identificação da contaminação por SARS-CoV-2 a nível hospitalar em 24 horas. A rápida utilização do genoma de sequenciamento em situações de surto ajudaria imensamente o esforço para reduzir o risco de espalhar a infeção entre os pacientes vulneráveis, bem como entre o staff. Este tipo de intervenção não ajudaria apenas a gestão dos pacientes, mas providenciaria uma análise tão precisa quanto possível da transmissão intra-hospitalar”.

Os padrões são condizentes com aqueles identificados noutros lugares: a maioria das amostras veio de pessoas idosas, com apenas uma mão cheia de crianças; foram obtidas mais amostras juntos de mulheres do que homens, refletindo os padrões de maior esperança de vida, mas também a maior proporção do sistema de saúde inglês, que é feminina.

Este estudo confirma e acrescenta ao conhecimento sobre o novo coronavírus. O vírus tem um ritmo mutacional genético estável e lento. Uma mutação na proteína pico, ligada a um aumento na transmissão do vírus, veio dominar em Norfolk durante a cronologia do estudo, algo que se refletiu a nível global. Também não existem provas de reinfeção dentro da região, adicionando às provas de que a reinfeção é rara, pelo menos por enquanto.

AG/NR/João Marques